Vengo del mundo del software y esto de los microchips siempre me ha parecido complicado, pero ahora me he animado a crear mi propio arduino. Por sencillez y para aprender lo he montado en una breadboard siguiendo las indicaciones de :http://arduino.cc/en/pmwiki.php?n=Main/Standalone

El resultado es el siguiente:

En lo referente a ISP y bootloader me he guiado por: http://www.instructables.com/id/Arduino-Leonardo-as-Isp/step5/Target-Atmel-Microcontroller-1-Atmega328p-burning-/

Al final no ha habido más misterio y todo ha funcionado sin problemas. He cargado un sketch que proporciona lectura de un termistor y un sensor de iluminación y lo comunica mediante ModBus RTU a un elemento superior. Más detalles en la entrada del blog: Arduino MosBus Esclavo (Servidor)